Dựa trên Đề án tuyển sinh của Hội đồng tuyển sinh trường Đại học Nha Trang, mức học phí của mỗi sinh viên sẽ có sự khác nhau giữa các năm học hoặc các học kỳ. Bởi vì mức học phí còn phụ thuộc vào số lượng tín chỉ mà sinh viên đăng ký ở mỗi kỳ học. Đối với chương trình đại học chính quy, học phí sẽ dao động từ 4.000.000 VNĐ/học kỳ - 5.000.000 VNĐ/học kỳ. Bên cạnh đó, đối với các chương trình song ngữ Anh - Việt và định hướng nghề nghiệp (chương trình chất lượng cao), mức thu học phí khoảng 10.000.000 VNĐ/học kỳ. Cụ thể học phí của từng ngành như sau:
STT Mã ngành Tên ngành Tổ hợp môn Học phí Ghi chú
1 7620303 Khoa học thủy sản A00, A01, B00, D07 9.000.000 Đại trà
2 7840106 Khoa học hàng hải A00, A01, C01, D07 9.000.000 Đại trà
3 7420201 Công nghệ sinh học A00, A01, B00, D08 9.000.000 Đại trà
4 7340115 Marketing A01, D01, D07, D96 9.000.000 Đại trà
5 7540101 Công nghệ thực phẩm A00, A01, B00, D07 9.000.000 Đại trà
6 7520122 Kỹ thuật tàu thủy A00, A01, C01, D07 9.000.000 Đại trà
7 7510202 Công nghệ chế tạo máy A00, A01, C01, D07 9.000.000 Đại trà
8 7340115 Marketing D01, D14, D15, D96 9.000.000 Đại trà
9 7340101 Quản trị kinh doanh D01, D14, D15, D96 9.000.000 Đại trà
10 7810201 Quản trị khách sạn D01, D14, D15, D96 9.000.000 Đại trà
11 7310105 Kinh tế phát triển D01, D14, D15, D96 9.000.000 Đại trà
12 7620305 Quản lý thuỷ sản A00, A01, B00, D07 9.000.000 Đại trà
13 7620301 Nuôi trồng thuỷ sản A00, A01, B00, D96 9.000.000 Đại trà
14 7520320 Kỹ thuật môi trường A00, A01, B00, D08 9.000.000 Đại trà
15 7520103 Kỹ thuật cơ khí A00, A01, C01, D07 9.000.000 Đại trà
16 7520114 Kỹ thuật cơ điện tử A00, A01, C01, D07 9.000.000 Đại trà
17 7520115 Kỹ thuật nhiệt A00, A01, C01, D07 9.000.000 Đại trà
18 7520116 Kỹ thuật cơ khí động lực A00, A01, C01, D07 9.000.000 Đại trà
19 7520130 Kỹ thuật ô tô A00, A01, C01, D07 9.000.000 Đại trà
20 7520301 Kỹ thuật hoá học A00, A01, B00, D07 9.000.000 Đại trà
1
7620303
Khoa học thủy sản
A00, A01, B00, D07
9.000.000
Đại trà
2
7840106
Khoa học hàng hải
A00, A01, C01, D07
9.000.000
Đại trà
3
7420201
Công nghệ sinh học
A00, A01, B00, D08
9.000.000
Đại trà
4
7340115
Marketing
A01, D01, D07, D96
9.000.000
Đại trà
5
7540101
Công nghệ thực phẩm
A00, A01, B00, D07
9.000.000
Đại trà
6
7520122
Kỹ thuật tàu thủy
A00, A01, C01, D07
9.000.000
Đại trà
7
7510202
Công nghệ chế tạo máy
A00, A01, C01, D07
9.000.000
Đại trà
8
7340115
Marketing
D01, D14, D15, D96
9.000.000
Đại trà
9
7340101
Quản trị kinh doanh
D01, D14, D15, D96
9.000.000
Đại trà
10
7810201
Quản trị khách sạn
D01, D14, D15, D96
9.000.000
Đại trà
11
7310105
Kinh tế phát triển
D01, D14, D15, D96
9.000.000
Đại trà
12
7620305
Quản lý thuỷ sản
A00, A01, B00, D07
9.000.000
Đại trà
13
7620301
Nuôi trồng thuỷ sản
A00, A01, B00, D96
9.000.000
Đại trà
14
7520320
Kỹ thuật môi trường
A00, A01, B00, D08
9.000.000
Đại trà
15
7520103
Kỹ thuật cơ khí
A00, A01, C01, D07
9.000.000
Đại trà
16
7520114
Kỹ thuật cơ điện tử
A00, A01, C01, D07
9.000.000
Đại trà
17
7520115
Kỹ thuật nhiệt
A00, A01, C01, D07
9.000.000
Đại trà
18
7520116
Kỹ thuật cơ khí động lực
A00, A01, C01, D07
9.000.000
Đại trà
19
7520130
Kỹ thuật ô tô
A00, A01, C01, D07
9.000.000
Đại trà
20
7520301
Kỹ thuật hoá học
A00, A01, B00, D07
9.000.000
Đại trà
Bên cạnh đó, trong mỗi kỳ tuyển sinh, Trường đều dành nhiều suất học bổng cho các tài năng trẻ. Tạo điều kiện cho tân sinh viên có thêm động lực học tập trong môi trường năng động, cơ sở vật chất hiện đại. Ngoài ra, Trường có chính sách miễn phí 100% phí ký túc xá cho thí sinh nhập học các ngành: Công nghệ chế biến thuỷ sản Quản lý thuỷ sản, Nuôi trồng thuỷ sản, Khai thác thuỷ sản ,Khoa học hàng hải.